Pierwsza wzmianka o cerkwi w Łabuńkach pochodzi z 1564 r. Zdania, gdzie była umiejscowiona, w Łabuniach, czy Łabuńkach są podzielone. A. Gil podaje, że w Łabuniach. Natomiast Józef Niedźwiedź w swoim "leksykonie..." utrzymuje, że cerkiew była raczej w Łabuńkach, czyli Łabuniach Małych. Przestała istnieć pod koniec XVI w.

Ponownie odnotowano ją w źródłach w roku 1749. W 1760 r. cerkiew nosiła wezwanie Opieki NMP. Była to cerkiew filialna i należała do dekanatu zamojskiego. Cerkiew w Łabuńkach rozebrano w 1928 r., chociaż, kiedy budowano figurę (na pamiątkę komasacji) pobierano jeszcze w 1933 roku materiał budowlany z dawnej cerkwi. Materiał rozbiórkowy posłużył także na budowę domów ludowych w Łabuńkach i Barchaczowie.

Z cerkwią sąsiadował także cmentarz grzebalny , najpierw unicki, a potem prawosławny. Czynny był aż do II wojny światowej. Obok cmentarza grzebalnego zlokalizowano cmentarz żołnierzy poległych w czasie I wojny światowej w 1914 r.
Natomiast wg informacji D. Kawałko pierwsza wzmianka o cerkwi w Łabuńkach pochodzi z 1709 r. Była to greckokatolicka cerkiew parafialna. Parafię z czasem przeniesiono do Zamościa, a w Łabuńkach pozostała cerkiew filialna. Inną także podaje datę rozbiórki cerkwi - 1938 r.

Bardzo ciekawe i szczegółowe informacje na temat cerkwi, jej kolatorów podaje Agnieszka Szykuła w opracowaniu testamentu baronowej Tefili z Grzębskich Karnickiej, d właścicielki pałacu i folwarku w Łabuńkach. Kolatorką parafii unickiej w Łabuńkach była baronowa Teofila Karnicka. Teofila i jej mąż - Kajetan Karnicki - byli zobowiązani do opieki nad unicką parafią w tej miejscowości. Parafia jednak nigdy nie otrzymała od kolatorów funduszy obiecywanych na odbudowę świątyni. Więcej - vide testament.
Agnieszka Szykuła w artykule do "Niedzieli" wyjaśniła, że pomimo, że tematem cerkwi w Łabuńkach zajmuje się już od 10 lat, nie natrafiła, jak dotąd, na zdjęcie tej świątyni.

źródło:
Józef Niedźwiedź. Leksykon historyczny miejscowości dawnego województwa zamojskiego. s. 271.
Danuta Kawałko. Cmentarze województwa zamojskiego, s. 132.
Agnieszka Szykuła. Archiwariusz Zamojski. 2006. Teofila Karnicka właścicielka Dóbr Łabuńki.